醫藥活性炭廣泛應用于制藥、精細化工等行業，如原料脫色、口服藥（解毒劑、腸道清潔劑）、化工原料、醫藥中間體、化工原料、生物制藥、生化技術、脫色等。注射劑的制備、純化和精制。適用于鏈霉素、慶大霉素、青霉素、氯霉素、紅霉素、磺胺類糞便、生物堿、布洛芬、頭孢菌素（6apa，d酸）、撲熱息痛、維生素b、維生素b6、維生素c、甲硝唑、沒食子酸、各種糞便氨基酸等制藥行業。也可用于乙二醛、苯并二唑、甲基。油脂、甘油等精細化工產品的脫色、除雜、除臭。

  在醫藥活性炭的醫療應用中，應注意碳與藥物的比例至少為10:1。例如，10毫克活性炭可以吸收40片25毫克阿米替林，但只有2片500毫克撲熱息痛。因此，活性炭在小劑量中毒時效果較好，而在大劑量中毒時，應盡量采用嘔吐或洗胃等方式清除毒物，一旦活性炭能耐受，應采用吸附不排除的毒物。因為很難知道吞下毒藥的確切劑量，常用的第一劑是50-100毫克，兒童15-20毫克，或1毫克/公斤體重。增加活性炭用量的效果也大大增強，但過量的活性炭會引起嘔吐或吸入。由于活性炭的用量有限，理想的治療方法應該是先排空胃，再用炭吸附。在香港，活性炭本身是治療急性中毒患者的首選。建議在攝入潛在毒性毒物后1小時內使用活性炭，口服或經大腸灌洗。如果患者服用了致命劑量，有必要考慮使用多劑量活性炭。山梨醇或硫酸鎂等瀉藥與活性炭一起使用，目前被認為有一些場所。

  醫藥活性炭的主要缺點是口感差，病人接受度低，尤其是對兒童。可經胃管、鼻飼管或口腔使用。它通常制成漿狀物，包括懸浮液、甜味劑和即用包裝。雖然市售活性炭已得到改進，但由于顏色、沙質、沉悶、吞咽困難等原因，不適合口服。研究表明，添加冰淇淋、牛奶等甜味劑可以影響活性炭的吸附性能。理想的添加劑是70%的山梨醇，它有甜味，可以減少沙子的感覺。所有這些都有利于碳通過胃腸道。有些人口服避孕藥時沒有不適，這似乎比傳統的方法優越。因此，活性炭是一種很好的解毒劑。